Comme pour le café, les fèves sont torréfiées afin d'augmenter leur arôme.  Cette phase se déroule après nettoyage des graines dans un torréfacteur.  Les fèves sont cuites à cœur avec leur coque puis elles sont décortiquées.  Elles sont ensuite broyées à l'aide d'une meule et transformées en éclats, que l'on appelle nibs ou grué.  La torréfaction dure en général 40 minutes à 140 °C.  Mais elle diffère suivant les variétés et les arômes que l'on désire obtenir.  La torréfaction permet aussi de réduire l'humidité des fèves de 7 % à 2 %.

Les grains de cacao sont transformés en pâte liquide : la masse de cacao.  Le beurre de cacao est alors séparé de la masse par pression.  Cette étape se déroule dans une broyeuse constituée de plusieurs cylindres de plus en plus serrés et permettant d'affiner le broyage.  Cet affinage permet de réduire la fève en grains très fins (20 μm) non décelables sur le palais de la bouche.