Le mot chocolat proviendrait dunahuatl xocolatl, qui est une combinaison des mots xocolli (signifiant « acide ») et atl (qui veut dire « eau »).

Les Aztèques associaient le chocolat avecXochiquetzal, la déesse de la fertilité.   Lesmayas l'associaient également à leur dieu de la fertilité.

Lephilologue mexicain Ignacio Davila Garibi suggère que les Espagnols ont inventé ce mot en associant le terme chocol et en remplaçant le motmaya haa (signifiant eau) par le termeaztèqueatl.   Cependant, il semble plus probable que lesAztèques eux-mêmes inventèrent le mot, ayant adopté depuis longtemps en Nahuatl le mot maya pour la fève de cacao.   En effet, les Espagnols eurent peu de contact avec les Mayas avant queCortés rapporte au roi d'Espagne une boisson chocolatée connue sous le nom de xocolatl.   Wiliam Bright relève que le mot xocoatl n'apparaît pas au début de lalangue espagnole ou dans les sources coloniales Nahuatl.

Le verbe maya chokola'j , qui signifie « boire du chocolat ensemble », a aussi été proposé comme origine possible.

Dans une étude controversée, les linguistes Karen Dakin et Søren Wichmann remarquent que dans de nombreuxdialectes Nahuatl, le nom est plutôt chicolatl que chocolatl.   De plus, de nombreuses langues parlées au Mexique (telles que le popoluca, lemixtèque, lezapotèque) et même auxPhilippines, ont emprunté cette version du mot.  Le mot chicol-li fait référence à des ustensiles de cuisine (toujours utilisés dans certaines régions).  Depuis que le chocolat a été servi, à l'origine dans des cérémonies, avec des fouets individuels, Dakin et Wichmann considèrent qu'il semble assez probable que la forme d'origine du mot était chicolatl, ce qui pourrait signifier « boisson battue».   Dans plusieurs régions du Mexique, en effet chicolear signifie « battre, remuer ».